先週書いたMoodleの自己登録の件、報告見る限りバージョン3.2でも引き続き症状が出ているようですね。
https://tracker.moodle.org/browse/MDL-54106
3.2のマニュアルにも動作しない的な一文が書かれていました。
https://docs.moodle.org/32/en/Cleanup#Delete_unconfirmed_users_after
とりあず放置アカウントを消えないままにするにしても、指定した周期で消えるようにするにしても、
アカウント発行時になにかその旨書いておいた方がよさそうだと思いました。